El Tribunal tiene una doble función: judicial y administrativa. Por costumbre, se utiliza el nombre de Tribunal de los Acequieros de la Vega de Valencia para referirse a estas dos funciones, conjuntamente, mientras que el nombre de Tribunal de las Aguas se reserva para las funciones judiciales propiamente dichas. En realidad son dos órganos distintos pero que actúan el mismo día, lugar y hora, e integrados por las mismas personas (el síndico es, a la vez, jurado y acequiero) o con una ligera variación: la Acequia de Robella tiene un Síndico-jurado y un Síndico-acequiero,y la Acequia de Chirivella no tiene Síndico-jurado. Cuando acaban de ser juzgados los casos denunciados en el marco de la Puerta de los Apóstoles, los síndicos pasan a la vecina Casa-Vestuario para tratar los asuntos comunes; en este caso son nueve los síndicos puesto que se incorpora el representante de Chirivella.
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El problema fundamental a tratar es la situación del agua del río; según el caudal, se decide abrir más o menos los tornos de las acequias y, si procede, solicitar, acudiendo a antiguos privilegios concedidos por el rey Jaime II, en 1321, agua de la acequia de Moncada (la antigua acequia Real o de Puzol). En este aspecto administrativo, el Tribunal está sujeto al Comisario de Aguas, como entidad superior, que tendrá que resolver las cuestiones planteadas entre el Tribunal de las Aguas y el Acequiero mayor de Moncada. Actualmente, el tema principal de las reuniones está en relación con la salida de agua del Pantano de Benagéber. La función jurisdiccional es competencia exclusiva del Tribunal; en su función administrativa se ve éste auxiliado por los letrados de todas las comunidades, que aconsejan sobre ordenanzas, intervienen ante la jurisdicción ordinaria, presentan los recursos en defensa de la Huerta,etc etc